Penerapan SPIP di lingkungan instansi pemerintah akan mendorong terciptanya reformasi birokrasi dan tata kelola pemerintah yang baik, Hal ini dikarenakan SPIP mempunyai 4 tujuan yang ingin dicapai yaitu (1) Kegiatan yang efektif dan efisien, (2) Laporan keuangan yang dapat diandalkan, (3) Pengamanan aset negara, dan (4) Ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. Untuk memperkuat dan menunjang efektivitas penyelenggaraan SPIP dilakukan pengawasan intern dan pembinaan penyelenggaraan SPIP. Pengawasan intern merupakan salah satu bagian dari kegiatan pengendalian intern yang berfungsi melakukan penilaian independen atas pelaksanaan tugas dan fungsi Instansi Pemerintah. Lingkup pengaturan pengawasan intern ini mencakup kelembagaan, lingkup tugas, kompetensi sumber daya manusia, kode etik, standar audit, pelaporan, dan telaahan sejawat. Sedangkan Pembinaan penyelenggaraan SPIP meliputi penyusunan pedoman teknis penyelenggaraan, sosialisasi, pendidikan dan pelatihan, pembimbingan dan konsultansi SPIP, serta peningkatan kompetensi auditor aparat pengawasan intern pemerintah (APIP) pada setiap instansi Pemerintahan.
Untuk memperkuat dan menunjang efektivitas Sistem Pengendalian Intern dilakukan, Pengawasan intern atas penyelenggaraan tugas dan fungsi Instansi Pemerintah termasuk akuntabilitas keuangan negara dan Pembinaan penyelenggaraan SPIP. PP 60 tahun 2008 pasal 1 menterjemahkan pengawasan intern yaitu seluruh proses kegiatan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain terhadap penyelenggaraan tugas dan fungsi organisasi dalam rangka memberikan keyakinan yang memadai bahwa kegiatan telah dilaksanakan sesuai dengan tolok ukur yang telah ditetapkan secara efektif dan efisien untuk kepentingan pimpinan dalam mewujudkan tata kepemerintahan yang baik. Dalam organisasi Inspektorat Jenderal secara fungsional melaksanakan pengawasan intern, aparat pengawasan intern pemerintah yang bertanggung jawab langsung kepada menteri/pimpinan lembaga. Kemudian pertanyaan siapakah yang berhak melakukan pengawasan intern dalam APIP?dalam Permenpan 220 tahun 2008 diterjemahkan Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP) adalah instansi pemerintah yang dibentuk dengan tugas melaksanakan pengawasan intern di lingkungan pemerintah pusat dan/atau pemerintah daerah, yang terdiri dari Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP), Inspektorat Jenderal Departemen, Inspektorat/unit pengawasan intern pada Kementerian Negara, Inspektorat Utama/Inspektorat Lembaga Pemerintah Non Departemen, Inspektorat/unit pengawasan intern pada Kesekretariatan Lembaga Tinggi Negara dan Lembaga Negara, Inspektorat Provinsi/Kabupaten/Kota, dan unit pengawasan intern pada Badan Hukum Pemerintah lainnya sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Auditor adalah Jabatan yang mempunyai ruang lingkup, tugas, tanggungjawab, dan wewenang untuk melakukan pengawasan intern pada instansi pemerintah, lembaga dan/atau pihak lain yang di dalamnya terdapat kepentingan negara sesuai dengan peraturan perundang-undangan, yang diduduki oleh Pegawai Negeri Sipil dengan hak dan kewajiban yang diberikan secara penuh oleh pejabat yang berwenang.
Dalam prakteknya proses kegiatan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain dilakukan bukan oleh auditor. Padahal kewenangan yang melekat dan di akui oleh negara dalam melaksanakan pengawasan intern pada institusi APIP adalah auditor. Yang menjadi pertanyaan apakah yang lain tidak lebih mampu dari jabatan auditor dalam melaksanakan kegiatan pengawasan, jawabanya belum tentu. Kita mengambil perumpamaan guru, mereka mengajar sesuai dengan sertifikasinya yang telah di akui kemampuannya dalam bidang tersebut dalam melakukan mengajaran, pertanyaannya apakah yang pelajaran yang lain tidak?belum tentu. Sebagai perumpamaan, seorang guru yang dari kecil telah hidup di pesantren sudah bisa di pastikan kemampuan agama dan bahasa arabnya sangat mumpuni. Dalam kuliah dia mengambil jurusan matematika. Guru terebut mengikuti sertifikasi dan keluarlah hasilnya guru bidang matematika. Secara substansi dia adalah guru matematika yang mempunyai kemampuan agama dan bahasa arab yang baik. Kemudian pertanyaannya apakah dia dapat diakui oleh negara bila melakukan pengajaran bahasa arab sebagai kredit dari pengajarannya, 100% pasti tidak. Begitu juga pengawasan intern, auditor telah di sertifikasi dan di diklat jabatan yang mempunyai ruang lingkup, tugas, tanggungjawab, dan wewenang untuk melakukan pengawasan intern pada instansi pemerintah, lembaga dan/atau pihak lain yang di dalamnya terdapat kepentingan negara sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Saat ini terjadi ketidaksesuaian antara pelaksanaan dan aturan yang berlaku, inspektorat jenderal sebagai institusi yang melakukan pengawasan (APIP) dianggap seluruh pegawai yang berada didalamnya dapat melakukan pengawasan intern. Pada PP 60 Tahun 2008 pasal 51 ayat 1 Pelaksanaan audit intern di lingkungan Instansi Pemerintah dilakukan oleh pejabat yang mempunyai tugas melaksanakan pengawasan dan yang telah memenuhi syarat kompetensi keahlian sebagai auditor. Ayat 2 Syarat kompetensi keahlian sebagai auditor sebagaimana dimaksud pada ayat (1) dipenuhi melalui keikutsertaan dan kelulusan program sertifikasi. Sehingga persepsi seluruh karyawan di Inspektorat jenderal dapat melaksanakan fungsi pengawasan intern tidak dapat di benarkan. Bisa dibayangkan bila satker yang dilakukan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain mengetahui bahwa dilakukan bukan oleh auditor atau tidak sesuai dengan tugas dan fungsinya. Hasil dari audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain tidak dapat dipertanggung jawabkan keabsahannya. Bagaimana jika yang melaksanakannya adalah pegawai yang sudah mempunyai sertifikat sebagai auditor tetapi sedang tidak menjabat sebagai auditor?Pada PP 60 Tahun 2008 pasal 51 ayat 1 bab penjelasan Yang dimaksud dengan “auditor” adalah pejabat fungsional pegawai negeri sipil di lingkungan Instansi Pemerintah sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Sudah sangat jelas bahwa yang melakukan pengawasan intern merupakan pegawai yang sedang di tugaskan dalam jabatan fungsional auditor.
Pentingnya pelaksanaan tugas dan fungsi ini dengan baik agar setiap program pengawasan yang dilaksanakan dapat di pertanggung jawabkan. Pada RKAKL kegiatan yang berupa pengawasan berada di program kegiatan itwil wilayah dan investigasi, setidaknya ini menggambarkan siapa yang dapat melaksanakan kegiatan-kegiatan pengawasan tersebut. Pertanyaan kemudian, apakah mampu auditor melaksanakan pengawasan diseluruh satker kementerian agama yang banyaknya 4.484. Memang jumlah satker dengan banyak auditor tidak memungkinkan dapat di jangkau seluruhnya karena keterbatasan kuantitas auditor. Hal ini tetapi bukan jawaban untuk membenarkan pengawasan dilakukan oleh selain auditor. Hal tersebut dapat di tanggulangi dengan menempatkan auditor sebagai orang yang bertanda-tangan hasil pengawasan walaupun hanya 1 orang tetapi hasil tersebut telah sah karena yang bertanggung jawab dalam proses pengawasan tersebut adalah orang yang jabatannya telah di amanatkan sebagai pengawas dan bertanggung jawab sebagai salah satu unsur pengawasan internal pemerintah. Dalam aturan, pengawasan di sebutkan secara luas unsur didalamnya audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain sehingga persepsi auditor hanya bertanggung jawab terhadap audit itu persepsi yang keliru. Dalam Permenpan 220 tahun 2012 pasal 6 ayat 1 penilaian unsur pengawasan oleh auditor di jabarkan dengan sangat detail disana.
Dijabarkannya dengan detail kedudukan APIP yang melakukan pengawasan sebaiknya menjadi acuan kita dalam melakukan pengawasan. Mutu pengawasan harus dijaga dan sesuai dengan standar yang telah ditetapkan. Standar yang telah ditetapkan oleh organisasi profesi ataupun pedoman yang telah ditetapkan menjadi pagar mutu pengawasan. Semoga pengawasan yang dilakukan oleh APIP di dudukan dengan baik sehingga pembinaan dan pengawasan yang dilakukan dapat di akui dan mutunya dapat di pertanggung jawabkan.
